Tokyo, tahun 16 Meiji. Kenshin Himura, Sang Jago Pedang, telah menggantungkan pedangnya dan hidup damai bersama istrinya, Kaoru, dan putranya, Kenji. Tapi suatu ketika, mereka menemukan selembar foto ayah Kaoru yang seharusnya sudah tewas. Foto itu pun menuntun mereka untuk berangkat ke Hokkaido. Apa yang akan menanti mereka di sana!? Kisah sang jago pedang bersama Sakabato, pedang yang tak bi…
Ayah Kaoru, Koshijiro, yang dikira tewas dalam perang ternyata masih hidup!? Untuk mencari Koshijiro, Kenshin sekeluarga bersama Ashitaro, Alan, dan Asahi berangkat menuju Hakodate, Hokkaido. Hakodate yang pernah menjadi medan perang kini kembali damai. Tapi, terjadi insiden di gunung Hakodate! Kenshin kini harus kembali bertarung dengan mengabaikan kondisi tubuhnya...
Senku yang datang ke desa Kohaku, berencana untuk menjadikan penduduk desa sebagai kawannya. Sebagai langkah pertama, Senku mengalahkan seorang pemuda dalam duel sains dan menjadikannya sebagai asisten. Kemudian, dia mulai mengembangkan obat mujarab untuk menyembuhkan penyakit kakak perempuan Kohaku. Tantangan untuk membangun kerajaan sains pun dimulai!!
Demi Membuat Sulfa, Obat Mujarab, Senku Dkk.Terus Maju Menapaki Peta Jalan Sains. Bahkan Di Antaranya Dia Harus Pergi Ke Area Super Berbahaya Dengan Tekad Siap Mati Untuk Mengambil Material Tersulit, Asam Sulfat! Sementara Itu, Di Desa, Turnamen Bela Diri Yang Mempertaruhkan Kursi Kepala Desa, "Duel Agung", Semakin Dekat!?
Senku, Taiju, dan Yuzuriha melanjutkan pembuatan mesiu. Di saat itu, tiba-tiba saja ada asap membumbung dari kejauhan. Senku merasa yakin ada manusia lain, dan menyalakan sinyal asap dengan mengetahui risikonya. Sementara itu, Tsukasa yang mengejar Senku untuk menghentikan pembuatan mesiu semakin dekat, dan mereka pun berada dalam situasi genting tanpa jalan keluar!?
Itadori dkk. berhasil mengalahkan janin kedua dan ketiga penjelmaan “Jutai Kusozu” dan mendapatkan jari Sukuna. Atas hasil upaya tersebut, mereka menerima rekomendasi untuk menjadi shaman tingkat 1! Akan tetapi, Gojo memiliki motif tersembunyi di balik itu semua...!? Dan JUJUTSU KAISEN kali ini juga akan menceritakan kilas balik peristiwa yang terjadi ketika Gojo dan Geto masih menjadi muri…
Misi Gojo dan Geto untuk melindungi “wadah plasma bintang” berubah menjadi buruk saat seorang “pembunuh shaman” yang mengaku bernama Fushiguro menyerang mereka secara tiba-tiba. Apa hasil akhir dari kejadian di masa lalu tersebut, yang membuat Gojo menjadi yang terkuat dan membuat Geto memberontak!?
Jari Sukuna dan objek terkutuk tingkat tinggi “Jutai Kusozu” yang disimpan di akademi jujutsu berhasil dicuri oleh Mahito. Kusozu pun menjelma jadi ancaman baru. Tanpa mengetahui bahaya tersebut, Itadori dan yang lainnya pergi untuk memusnahkan jurei yang muncul di pintu gerbang. Akan tetapi...!?
Setelah program pertukaran dengan Akademi Jujutsu Kyoto dimulai. Pihak yang duluan menyingkirkan jurei tingkat 2 di area pertandinganlah yang akan jadi pemenangnya. Todo yang gemar berkelahi segera menyerang pihak Tokyo! Saat Todo dan Itadori saling berhadapan, anak-anak Kyoto yang lain ikut mengepung Itadori dengan niat untuk membunuhnya. Rencana tim Kyoto untuk membunuh Itadori berjalan sesua…
Semua orang terkejut ketika mereka mengetahui Itadori masih hidup, tetapi tidak ada waktu untuk reuni yang mengharukan ketika Jujutsu High berada di tengah-tengah persaingan ketat dengan saingan mereka dari Kyoto! Tapi sportifitas yang baik tampaknya tidak ada dalam kartu begitu pihak berwenang memutuskan untuk menghilangkan ancaman Sukuna sekali dan untuk selamanya. Dalam pergantian peristiwa…